Heinrich Zschokke wurde am 22. März 1771 in Magdeburg geboren. Sein Vater war ein wohlhabender Tuchmacher, seine Mutter war kurz nach seiner Geburt gestorben. Nach dem Tod des Vaters (1779) wuchs Zschokke zunächst bei Geschwistern auf. Als Schüler des Gymnasiums in der Altstadt kam er beim Rektor und Schriftsteller Elias Caspar Reichard unter. Nach einem Verweis vom Gymnasium floh der 17jährige nach Schwerin und arbeitete beim Hofbuchdrucker Bärensprung als Korrektor und Privatlehrer. Dort machte er erste Erfahrungen als Redaktor und verfasste erste literarische Texte. 1788 schloß er sich einer wandernden Theatertruppe an und wurde ein erfolgreicher Dichter von Theaterstücken.
Nach der Auflösung der Theatertruppe entschloss er sich zum Studium der Theologie an der Universität Frankfurt an der Oder. Zurück in Magdeburg wirkte er für ein halbes Jahr als Pastor und verfehlte nur knapp die Wahl an die Katharinenkirche. Darauf kehrte er nach Frankfurt zurück, wo er eine Stelle als Privatdozent an der Universität erhalten hatte. In diese Zeit fiel der Ausbruch der Französischen Revolution, die er als Anhänger aufklärerischen Gedankengutes begrüsste.
1795 begann Zschokke eine Bildungsreise, die ihn zuerst in die Schweiz und von da nach Paris und Rom führen sollte. Die Schweiz hatte ihn schon als Kind fasziniert. In der Tradition der Aufklärung und Frühromantik sah er in ihr das Ideal eines demokratischen und freien Landes. Die ersten Eindrücke stiessen ihn jedoch ab, er realisierte die grossen Unterschiede zwischen einer gebildeten Oberschicht und einer rückständigen Landbevölkerung. In Zürich fühlte er sich sofort gut aufgenommen und machte die Bekanntschaft von Pestalozzi, Hirzel, Hottinger und Leonhard Meister. Die Unterdrückung des Stäfner Aufstandes liess ihn jedoch an der Rechtmässigkeit der aristokratischen Stadtherrschaft zweifeln.
In Bern lernte er die späteren helvetischen Minister Rengger und Stapfer kennen. 1796 zog er weiter nach Paris, ins Zentrum des revolutionären Frankreich. Doch gerade hier wurden seine Vorstellungen vom idealen Staat wiederum enttäuscht, er wollte bald weiter nach Italien reisen. Auf dem Weg dahin machte er in Bern, Schwyz und schliesslich in Chur Station. Hier nahm sein Leben eine wichtige Wendung.
Durch seine Bekanntschaft mit dem Standespräsidenten von Graubünden, Johann Baptista von Tscharner, der ihn als Lehrer und schliesslich als Leiter des Seminars (einer höheren Bildungsanstalt) in Reichenau einstellte, schlug er rasch Wurzeln. Hier verfasst er sein erstes historisches Buch, eine Geschichte Graubündens für das Volk und die Schulen. In Graubünden fand Zschokke endlich die Schweiz, die er sich in seiner Kindheit und Jugend erträumt hatte: eine Vereinigung freier und selbstbestimmter bäuerlicher und städtischer Gemeinden. Der Landtag schenkte ihm schliesslich das Landesbürgerrecht. Damit war für Zschokke klar, dass er nicht mehr nach Deutschland zurückkehren wollte.
Im Revolutionsjahr 1798 brach die alte Eidgenossenschaft zusammen. Für den Freistaat Graubünden stellte sich die Frage des Beitritts zur neuen Helvetischen Republik. Konservative und fortschrittliche Patrioten, zu denen auch Zschokke gehörten, waren sich nicht einig. Zschokke verfasste ein Flugblatt, in dem er die Bündner zum Beitritt aufforderte. Nach der Ablehnung des Beitritts durch die Landstände musste Zschokke und andere Vertreter der Patrioten Graubünden verlassen. So gelangte er als Gesandter der Bündner Patrioten nach Aarau, in die provisorische Hauptstadt der Helvetischen Republik.
Die Helvetische Republik nahm Zschokke in ihre Dienste. Zuerst arbeitete er unter Stapfer als Leiter des Büros für Nationalkultur. In dieser Eigenschaft beförderte er die Gründung von vaterländischen Gesellschaften und gab als Nachfolger von Pestalozzi die ersten Nummern des „Schweizerboten» heraus, einer Zeitung für die breite Bevölkerung. 1799 sandte ihn die helvetische Regierung als Kommissär in den kriegsversehrten Kanton Waldtstätten und bald darauf auch in den Kanton Tessin. Hier machte Zschokke erste Erfahrungen im Umgang mit Not und Elend, entwickelte aber auch seine Fähigkeiten zur Organisation und bemühte sich, die einheimische Bevölkerung vor den Übergriffen der französischen Truppen zu schützen. Nach diesem Einsatz sandte ihn die Regierung schliesslich als Regierungsstatthalter nach Basel, wo er neben seiner Tätigkeit als Beamter der Republik auch Zeit zum Schreiben und Lesen fand. 1801 schied er aus dem Staatsdienst aus und unternahm ein Jahr später zusammen mit Kleist und Wieland eine ausgedehnte Schweizerreise, die ihn auch in den Aargau führte. Er mietete sich in Schloss Biberstein ein und wurde in der Familie des Kirchberger Pfarrers Nüsperli freundlich aufgenommen. Hier lernte er die Tochter Nanny Nüsperli kennen. Die beiden heirateten 1805 und errichteten sich ausserhalb Aaraus in der Blumenhalde ein Wohnhaus mit ausgedehntem Garten. Die grosse Familie (11 Söhne und eine Tochter) lebte hier in einer eigenen, kleinen «Republik». Zschokke unterrichtete alle seine Kinder selber.
Dem neu gegründeten Kanton Aargau diente Zschokke als Oberforst- und Bergrat und war zeitweise auch Mitglied des Grossen Rates (Parlament). Daneben setzte er seine schriftstellerische Tätigkeit fort und gab bei Verleger Sauerländer auch verschiedene Zeitschriften und Zeitungen heraus. Als Redaktor der liberalen Wochenzeitung «Schweizerbote» war Zschokke einer der Vordenker des Schweizer Bundesstaates. 1830 war er einer der Verfasser der neuen, demokratischen Kantonsverfassung.
Als Gründer der Freimaurerloge «zur Brudertreue» in Aarau, als Mitgründer der Gesellschaft für vaterländische Kultur und als aktives Mitglied und Präsident der Helvetischen Gesellschaft setzte er sich für die Schaffung einer neuen bürgerlichen Gesellschaft ein. Er widmete sich nach wie vor auch sozialen und politischen Anliegen. 1843 zog sich Zschokke aus dem öffentlichen Leben zurück und starb 1848 am Tag, an dem die eidgenössische Tagsatzung den Vertrag zur Gründung des Bundesstaates beschloss.
