In der Helvetischen Republik verdiente Heinrich Zschokke seine Sporen ab: Er bekleidete das Amt des Chefs des Bureaus für Nationalkultur (bureau de l’esprit publique, diente der Republik als Kommissär im kriegsversehrten Stans und im Tessin sowie als Regierungsstatthalter in Basel.
Der Aargau übernahm bereitwillig Regierungsmitglieder und Beamte der Helvetik, die ihm beim Aufbau des jungen Kantons halfen. Auch Zschokke fand hier ein neues Wirkungsfeld als Oberforst- und Bergrat. Er war verantwortlich für die Staatswälder und Bergwerke und begann mit der Organisation einer nachhaltigen Waldbewirtschaftung. Dies alles war für den Aufbau des Staates zentral, denn aus dem Waldbesitz flossen wichtige Einnahmen für den jungen Kanton.
Heinrich Zschokke war während 25 Jahren Mitglied im grossen Rat und dreimal aargauischer Gesandter in der Tagsatzung. 1831 wirkte er als Vizepräsident des Verfassungsrates an der Ausarbeitung einer neuen demokratischen Aargauer Verfassung mit. Er war ein Vertreter des Liberalismus und des Fortschritts. Bereits 1824 schlug er in seinem Aufsatz «Betrachtung einer großen Angelegenheit des eidsgenössischen Vaterlandes», einen starken Staat mit einem siebenköpfigen Bundesrat an der Spitze vor. Zschokke starb 1848 an dem Tag, an dem die Tagsatzung die Schaffung eines neuen Bundesstaates beschloss.
